一個世紀以來，中醫的憂患不絕如縷。然而，在百年以前，并無中西之分，中西醫學交流沒有這么多的沖突與排斥。比如中醫的種痘技術，比如西方的金雞納霜，都是相互融合和借鑒的好例子。中西方在醫學上好象并沒有什么大的沖突。
那么，問題在哪里呢？要而言之，問題有這樣幾個：其一，西方科學進步，尤其是化學工業的進步，帶來的一系列突破。尤其在發現抗生素以后，西方醫學好象忽然有了對付絕大多數疾病的鑰匙，隨之而來的消毒等衛生觀念雖然簡單，卻在人的具體行為上與其他的醫學體系區隔分明。觀念上的差異導致對臨床效果的忽略，對生命深層次探討的忽視。其二，西方科學進步的載體是其海外市場的擴展，是伴隨其經濟與文化殖民的拓展而發展的。不論你是否承認，科學畢竟是人的工具，誰掌握這個工具，它就為誰服務。單純討論科學的中立特性與客觀性在歷史上并沒多大意義。正所謂科學沒有國界，但科學家有祖國。作為技術性、實踐特性很強的醫學來說更是如此。隨著化工企業掌握了醫藥市場的壟斷權利，比如美國的洛克菲勒集團，他們也就掌握了所謂“科學”的輿論主導權利。西方醫學的傳播，也就成了醫藥企業，尤其是醫藥壟斷集團利益傳播的通道與工具。其三，中醫、西醫在臨床方面，對不同的病癥各有所長，這是由其本身的物質、理論基礎決定的。西醫面對一些烈性傳染病，以及在病原可以明確的疾病方面在２０實際２０年代以后尤其有效，西醫的外科進步也十分迅速。而中醫則對一些病原不清的疾病， 尤其是疑難雜癥十分有效。中醫的外科在一千多年中受文化觀念影響一直停頓（這種現象在西方古代也很普遍，比如不許解剖尸體等）。西醫以其長處攻擊中醫短處，在中醫沒有統一的力量與聲音的情況下，容易得逞。這和西方殖民者以區區幾艘艦船能打敗一個泱泱大國道理一樣，他們的力量是集中的成建制的，我們的力量是分散的混亂的，問題不在于規模而在于戰斗力。其四，中西醫學發展到２０世紀初期，西方因為其工業發展，尤其化學發展而使醫學日新月異，而中醫雖然在實踐上和理論上不斷突破，比如溫病學說，對病菌、病毒等“癘疫”等病原有全新的認識，但因為缺乏相應的新的研究手段，比如顯微鏡等，還是不能十分深入。西方則對病原有十分清楚的認識。這種工具上的差異導致理論上分化異常迅速。如果說過去的差異，雙方停留在經驗階段，那么現在的差異則是理論上的根本差異。過去相互比較時候，靠的是效果，而現在，西方的醫藥利益集團則可以打著明確的旗號來反對別人，排斥其他體系了。面對雖然有效，但是并不知所以然的臨床方法和理論，比如方劑、針灸等，在“有醫學常識的人”看來，當然類似巫術了！這是迷信的“科學”。
這就是中西醫分化和沖突的幾個主要原因。
這里有一個標準性，必須厘清，那就是，什么是檢驗理論與技術的標準？我們說，是實踐。對于醫學來說，就是臨床效果。９０％的國人支持中醫的原因也就在于此，中醫的確有效啊！
醫學畢竟實證的科學，誰也弄不了假的。雖然口水戰打了，雖然西方利益集體的陰謀部分得逞了，但回過頭來，我們發現，最熱衷于研究中醫的竟然是他們的實驗室！現在所謂的植物藥，難道不就是我們的中醫單方藥么！毫不客氣的說，中醫方劑，多為復方，要比單方進步得多。近年來對重要付方的研究，破有斬獲，比如對六味地黃丸的研究，讓人對重要的物質基礎有了明確的認識。但現在認識到的，只用管窺蠡測來形容毫不過分。
中醫是典型的經驗科學，而且多為實踐驗證的有效經驗。雖然達不到嚴格科學標準的要求，但作為臨床而言，功效卓著。中醫之所以無法達到嚴格的科學標準的要求，在于這樣幾個原因：一，從陰陽五行以及經絡學說來說，在診斷過程中雖然十分有效，但其物質基礎一直都存在朦朧之處。這不是理論的錯誤，而是產生這些理論的時代沒有提供進一步深入研究的工具。二，從藥學來說，方劑和各種配伍由各種動植物、礦物組成，臨床上雖然能從效果判斷出配伍的大致比例，但因為有效成分的含量受制于天氣、產地、墑情等等因素，因而其有效性不是特別穩定，只能呈現“經驗性地穩定”。三，從“病”與“證”來說，中醫在幾個世紀以前沒有辦法深入“病理”，而只能采取“辯證”的方法，也就是現在說的黑箱方法，來解決問題。但黑箱總要被打開的。
隨著技術的發展，可以說，中醫從理論到藥學到臨床這三個環節上，現在探究其物質基礎的時機已經成熟。客觀地講，中醫需要在這樣一些方面浴火重生，才能在現代條件下發揚光大：病理學、藥學、方劑學，以及運作的社會體制。
從基礎的病理學角度來說，經絡、針灸等，陰陽五行的辨證問題，都可以經過研究，在全新的物質基礎上闡述。在診斷學上，望聞切問諸法都可以數量化和儀器化。最近包括耳針耳診等許多儀器的問世，都說明在全新的物質基礎上提煉出新的中醫理論完全可行。在藥學與方劑學上，要弄清傳統配伍的物質基礎是什么樣的，藥的溫涼寒熱等等性狀的物質基礎（比如化學功能團的類別差異等）與“證”的表現之間，以及他們與“病”之間的關聯是什么，這樣就可以擺脫經驗，發現全新的配伍規律，使中醫藥建立在全新的微觀基礎之上。
以此為基礎，中醫的運作機制也要有所改變，而且這種改變是必須的。那就是產業化，讓中醫從研究到生產到銷售形成完整而且利益休戚與共的產業鏈條，在這個鏈條里，中醫的理論才能深化和升華，中藥才能在前人的基礎上有全新的突破。因為只有在這樣的體系里，我們才能將各種利益整合起來，我們的傳統才有了存在的物質基礎和經濟基礎。
我們要牢記一點，那就是，在進化的路上，不是最優秀的能生存下去，而是最合適的才能生存。中醫很優秀，但它必須改變，必須深化和升華。單純講我們的東西好壞沒有用，只有形成顯示的社會力量，形成利益共同體，它才有希望。別忘了，西方那些實驗室里天天在研究我們各種配伍后面的規律呢！
因此，這是個系統的創新過程，要用新的工具，在過去的基礎上發現新的東西。這不僅僅是個學術問題，不僅僅是個中醫有效與否的問題，更是個利益問題，社會組織問題。
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