一是投入巨大產(chǎn)出低下。2013年，全國公共財政科技支出超過5000億元，不到40年我國的財政科技投入增長了近100倍。與巨額投入形成鮮明對比的是近年來，我國真正世界級的科研成果和大師級的科學(xué)家還鮮有出現(xiàn)。與此同時，我國現(xiàn)代高科技企業(yè)卻深受資金匱乏的困擾，包括騰訊、阿里巴巴等企業(yè)都被外資控股，這個時候就不知道科研經(jīng)費跑哪里去了。完全可以說，中國5000億的財政性科技投入，基本上都說屬于肉包子打狗有去無回。
二是扭曲收入分配體系。中國的高校和科研院所基本上都是國有的，教師和科技人員都是在編事業(yè)人員，由政府提供工資、福利和退休金。從基本的職業(yè)道德角度而言，一女不能二嫁，拿一分錢就得干一份活，不能拿著東家的錢干著西家的活。沒有科研經(jīng)費的時候，大家都干著同樣的活，收入差距有，但是不是很大。這樣便于營造一種相對平等和諧的生活和工作環(huán)境。科研經(jīng)費扭曲了正常收入分配體系。干同樣的活，有人腦子活絡(luò)去申請課題，拿了科研經(jīng)費，生活有滋有味。老老實實從事教學(xué)的人，不去動歪腦筋，只能拿死工資。尤其是，現(xiàn)在科研經(jīng)費每年不斷猛增，逐步凌駕于正常的工資，從而對整個高校的正常收入分配體系造成嚴重扭曲。
三是沖擊高校正常教學(xué)秩序。高校教師，包括講師、副教授、教授，一言以蔽之，都應(yīng)該從事教學(xué)工作，大學(xué)老師不從事教學(xué)工作，那還叫什么教授、還叫什么講師?教學(xué)按照課時來計算，科研則是隱形資產(chǎn)無法衡量。在沒有科研經(jīng)費的時候，高校可以將科研與教學(xué)統(tǒng)一安排，科研也可以計算為多少教學(xué)量，這樣大學(xué)正常教學(xué)秩序可以正常運轉(zhuǎn)。科研經(jīng)費把正常教學(xué)秩序搞得一塌糊涂。安心從事教學(xué)工作的人，申請不到科研經(jīng)費，一心鉆營不想從事教學(xué)工作的人則能申請到科研經(jīng)費。導(dǎo)致安心從事教學(xué)的人越來越少，就是教學(xué)也是心不在焉，總想到去撈外快。甚至造成這樣一種氛圍：一個教授、副教授如果專心從事教授而不是專心所謂的科研的話，完全是一種無能的表現(xiàn)!就會遭到有形無形的排擠。大學(xué)本身也重視科研而忽視教學(xué)。為什么?因為大學(xué)教師申請到科研經(jīng)費之后，高校可以提取管理費。如果高校教師沒有申請科研經(jīng)費卻安心教學(xué)的話，高校就沒法提取管理費了。大家都以為高校是教書育人的地方，其實不然，現(xiàn)在大學(xué)做的都是生意，滿腦子想的就是千方百計賺錢!
四是造成學(xué)風浮躁影響真正科研。做學(xué)問很辛苦，要花費很大力氣和心血的。古人說過很多類似的話：板凳要坐十年冷，文章不寫一句空;為伊消得人憔悴;皓首窮經(jīng);苦心孤詣;頭懸梁錐刺股，等等，反正要求耐得住寂寞忍得住孤單。只想嘩眾取寵一夜成名，這種人肯定是做不好學(xué)問的。當然搞學(xué)術(shù)研究未必那么復(fù)雜，說白了就是整天瞎琢磨。比如搞文學(xué)研究的，三十年如一日琢磨文學(xué)，就算是一頭豬也能琢磨出一點東西，何況我們高校教師智力水平都是中等以上的。搞歷史研究的，30年如一日的琢磨歷史，誰還不能琢磨出一點東西出來?
國家給高校教師提供工資、福利和退休金，高校教師和科研人員自覺主動的進行教學(xué)和科研。這種收入分配體制其實是一種君子協(xié)定。你說高校教師這篇文章水平如何，不同的人有不同的看法，沒有辦法定量評價。高校教師寫了一部著作，怎么衡量水平高下?沒有辦法評價。濫竽充數(shù)的肯定有，如果有50%的高校教師認真履職用心科研，經(jīng)過10年、20年必有小成就。30、50年必有大成就。我們要有這種耐心，要相信高校教師能夠自覺的投身科研，而不是為了單純的科研經(jīng)費搞科研。
科研經(jīng)費把整個高校搞得像喧鬧的名利場。每個人不是安安靜靜的搞研究，不是安安靜靜的從事教學(xué)，而是滿腦子的想著申請科研經(jīng)費，想著怎么搞錢。如果你不加入這種潮流，高校里就沒有你的位置，就會被邊緣化。加入這種游戲呢?你會發(fā)現(xiàn)搞的不是真正的科研，而是不斷的填寫申請報告，不斷跑關(guān)系拉項目。然后一年就要結(jié)題出成果，寫的文章也是八股文，自己的才華、心血并沒有得到這種的體現(xiàn)。這還叫那門子的科研?這完全是科技部門與大學(xué)、大學(xué)教師玩的三方游戲，互相欺騙與被欺騙!
五是人為制造不公平競爭。公平競爭是社會主義市場經(jīng)濟秩序的應(yīng)有之義。各類企業(yè)同時進入市場，同臺競技，優(yōu)勝劣汰、適者生存，這就需要一個公平的市場環(huán)境。如果某些企業(yè)得到很多資源，而另外的企業(yè)卻得不到相應(yīng)的資源，那么就構(gòu)成不公平競爭。政府給予企業(yè)的所謂科研經(jīng)費則事實上人為制造不公平。同樣的企業(yè)，有些會包裝，就可以從不同的政府部門拿到所謂的科研經(jīng)費或者轉(zhuǎn)型升級補助，有些企業(yè)甚至專門鉆政策的空子，不好好從事經(jīng)營活動，只想騙取政府資金存活。而專心干實業(yè)、開拓市場的反而因為不善于包裝，或者各種原因拿不到科研經(jīng)費。科研經(jīng)費的存在，事實上人為制造不公平競爭，對于構(gòu)建健康、公平的市場經(jīng)濟秩序造成了危害。
六是滋生系統(tǒng)性腐敗。中國科研經(jīng)費在日常使用過程之中，雖然都號稱嚴格管理，但是事實上管理都非常松懈，從而導(dǎo)致了嚴重的尋租空間。更有甚者，科技部、高校自身出臺政策，將不合理現(xiàn)象合法化，從而導(dǎo)致了嚴重的系統(tǒng)性腐敗。這里又分兩類情況。一類是在現(xiàn)象政策下被定義為腐敗的。比如虛列勞務(wù)費用、收集發(fā)票沖賬、借殼套現(xiàn)等。比如原浙江大學(xué)水環(huán)境研究院院長陳英旭，利用國家科技重大專項“苕溪課題”總負責人的職務(wù)便利，采用編制虛假預(yù)算、虛假發(fā)票沖賬，編制虛假賬目等手段，將國撥科研經(jīng)費900余萬元沖賬，劃撥到自己實際控制的“殼公司”賬戶上。一類是科技部門和高校出臺所謂的文件，將不合法事情合法化，比如有些科技部門出臺政策給予高校轉(zhuǎn)換科技成果獎勵，有些高校出臺政策允許高校教師拿所謂的專家咨詢費，有些高校把口子開的很大，包括買房、買車、個人消費都都算作業(yè)務(wù)支出，甚至直接私分科研經(jīng)費。這種打著合法旗號的腐敗更加起到迷惑作用，應(yīng)該從源頭上得到治理。
總而言之，由于部分決策者沒有充分認識到中國高校和科研體制與美國的根本不同之處，沒有充分考慮中國國情，只知道盲目的照搬照抄。中國的科研資金過多過濫、各個部門多頭管理、管理松懈不同程度的存在。每年5000億的科研經(jīng)費投入巨大，產(chǎn)出如此低下，到了不得不解決的地步了!解決的根本出路就是進一步理順管理機制，取消疊床架屋的所謂科研經(jīng)費。這就要求，在學(xué)校內(nèi)部，由學(xué)校統(tǒng)一管理各類教學(xué)、工作、科研資金，取消各個項目組的小金庫性質(zhì)的科研經(jīng)費。從國家層面上來講，應(yīng)該取消科技、教育、經(jīng)信、發(fā)改多個部門對于科技資金的分散使用，改為財政資金一個口子，避免多頭重復(fù)投入，杜絕國家財政資金的極大浪費。
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