對于轉基因食品的安全，相關專家的一個共同看法是，只要經過安全審批的轉基因食品都是安全的。但是，隨著轉基因大豆和其他轉基因食品進入中國市場，一個在過去被忽視了的安全問題浮出水面——轉基因大豆的草甘膦殘留量。
草甘膦超標 是一個世界性問題
草甘膦(商品名為農達)是美國孟山都公司于1971年研發的廣譜除草劑。目前，已經在世界各國廣泛使用。與草甘膦配套使用的是抗草甘膦(抗農達)轉基因作物，如抗草甘膦轉基因大豆、玉米、油菜和棉花等。農民們種植了抗草甘膦的轉基因作物，就可以大量使用草甘膦以殺滅許多雜草，但不會殺死抗草甘膦的轉基因大豆和玉米等。然而，草甘膦的應用也在作物上不可避免地留下一些殘留，由此對人和動物的安全以及對環境造成潛在危險。
挪威北極大學生物安全中心的庫拉等人采集美國愛荷華州200千米范圍內某一區域種植的31批次的大豆，對其草甘膦、草甘膦代謝物氨甲基磷酸(AMPA，草甘膦在植物體內最常見的代謝產物)和其他農藥成分，以及營養性與化學品成分進行了分析，依據營養成分、元素特征與除草劑/農藥殘留等指標判定其優劣，從而辨別這些轉基因大豆在安全性上與傳統大豆是否實質等同。
研究人員檢測的大豆分為三類，一是抗草甘膦(抗農達)轉基因大豆(GM-soy);二是采用傳統化肥，即傳統化學農業方式(種植前施用除草劑與農藥)種植的非轉基因大豆;三是采用有機耕作方式，即無化學方式(不使用除草劑或農藥)種植的非轉基因大豆。結果表明，抗草甘膦轉基因大豆中草甘膦和氨甲基磷酸殘留量較高，分別為3.3mg/kg和5.7mg/kg;施用化肥的非轉基因大豆中的草甘膦和氨甲基磷酸低于轉基因大豆;有機方式耕種的非轉基因大豆中的草甘膦和氨甲基磷酸為零。
草甘膦降低大豆營養
對轉基因大豆大量使用草甘膦不只是產生安全問題，而且會影響轉基因大豆的營養成分。因為草甘膦可減少轉基因大豆的光合作用和營養吸收，不管是在溫室和田間試驗，還是第一和第二代抗草甘膦轉基因大豆都是如此。高水平的草甘膦施用減少了α-亞麻酸但增加了油酸，即產生了不健康的脂肪酸。草甘膦也可能改變微量營養物質的狀態，特別是錳和鋅，這取決于土壤類型。
一般來說，植物根際的微生物群落健康與否，對于植物健康是一個重要因素。但草甘膦有可能影響植物生長所依賴的土壤微生物群落，如增加鐮刀菌屬。氨甲基磷酸是溫和的植物性毒素，會降低大豆的光合作用和蒸騰速率。此外，草甘膦的其他成分對轉基因大豆也有害。
對草甘膦殘留評估的重要性在于，全球種植抗草甘膦的轉基因作物最多，因此草甘膦除草劑也是全球使用最廣泛的除草劑。2011年大豆世界產量為2.515億噸，美國(33%)、巴西(29%)、阿根廷(19%)、中國(5%)與印度(4%)為主要生產國，其中抗草甘膦轉基因大豆占到全球產量的75%，即全球有1.87億噸大豆是抗草甘膦轉基因大豆。
2011-2012年，美國種植了大約3000萬公頃大豆，抗草甘膦轉基因大豆占93-94%。在其他大豆種植領先國家，相同的抗草甘膦轉基因大豆在巴西與阿根廷市場占到83%與100%生產量。
如果不對抗草甘膦轉基因作物中的草甘膦殘留以及其他相似的殘留物質進行評估，就不能把轉基因產品與非轉基因產品的安全性視為實質等同。
草甘膦對生態環境的影響
庫拉等人的研究還提出了人們對轉基因作物關注的另一個重要問題，即過分依賴除草劑可能造成惡性循環，由此影響生態和環境。這同樣基于對抗草甘膦轉基因作物原理和使用的認知。
因為農民可以放心地噴灑草甘膦以根除雜草，但轉基因作物不會受到傷害。然而，在大片大片的土地上大量使用草甘膦可能導致雜草種群的變化并演化出抗草甘膦的雜草，如產生可怕的長芒莧。由此，又會讓農民使用更多、更高劑量的草甘膦，進一步促進草甘膦抗性雜草的進化。這種道高一尺魔高一丈的循環一方面對于農民來說是不可持續的，另一方面也可能通過植物組織積累更高的草甘膦殘留而影響消費者。
意識到這些問題，就連中國臺灣也于2013年也開始修改進口轉基因大豆中草甘膦的含量標準。
中國沒有制定草甘膦殘留標準
由于種種原因，中國進口的轉基因大豆逐年增多。2013年，中國從美國、巴西和阿根廷進口了6300多萬噸轉基因大豆。進口的大豆主要用于制造大豆油，因此，中國的家庭和餐館普遍使用轉基因大豆油。但是，進口轉基因大豆中的草甘膦含量問題一直得不到解決。
過去和現在，雖然有一些媒體陸續報道過進口的轉基因大豆中的草甘膦殘留問題，但是，由于沒有權威認證機構的確認，大豆草甘膦殘留一直得不到重視，根本原因在于中國對轉基因大豆草甘膦殘留量的檢測一直沒有標準。由于沒有標準，中國在進口轉基因大豆時也就沒有檢測草甘膦殘留量。
中國沒有制定轉基因大豆草甘膦殘留量標準的原因在于，中國禁種抗草甘膦轉基因大豆，草甘膦也不能在大豆田使用，因此目前中國尚未制定草甘膦在大豆中的限量標準。這也為草甘膦在食物中的超量殘留留下隱患。一旦草甘膦殘留超標(CAC20毫克的標準)，或盡管不超標但有較大殘留量并逐漸積累，就有可能產生嚴重后果。
阿根廷布宜諾斯艾利斯大學分子胚胎學實驗室主任安德烈斯·卡拉斯科(Andres Carrasco)在其2010年發表的研究報告中指出，草甘膦通過損害維甲酸信號對脊椎動物，如對青蛙和雞的胚胎造成損害，產生畸形后代，這與接觸草甘膦除草劑居民經常出現的新生兒畸形一致。而且在生產抗草甘膦轉基因大豆的地區，女性的流產較多。在阿根廷的查科省，在國家推廣農業生物技術后，新生兒畸形翻了兩番。此外，草甘膦這樣的除草劑與不斷升高的患癌率和其他疾病，如慢性腎疾病也有關系。
只有對轉基因產品的草甘膦等殘留有一個科學的評估標準，并且依法檢測，才能確保轉基因大豆和其他轉基因產品對公眾是安全的。
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