6、公眾要求政府信息公開、質詢跨國公司
2002年，農業部批準進口孟山都抗草甘膦轉基因大豆，至今該大豆已經占據中國80%市場，近幾年每年都進口5000萬噸以上。
根據《轉基因食品衛生管理辦法》(2002年7月1日起施行，2007年12月1日廢止)、《新資源食品管理辦法》(2007年12月1日起施行)，新上市的轉基因食品需要衛生部的審批。
2011年11月21日，公眾代表楊曉陸向衛生部遞交政府信息公開申請表，要求衛生部出具采用美國孟山都抗草甘膦轉基因大豆品系加工的三種產品的審批文件。這三種產品分別是，轉基因大豆油、采用“化學浸出”工藝加工生產的轉基因大豆油、其他含有轉基因大豆成分的食品。2011年11月23日，衛生部回復《政府信息不存在告知書》，衛生部未受理和審批過這三種產品。
2011年9月30日，顧秀林等四人向農業部遞交政府信息公開申請表，要求農業部出具文件：美國孟山都公司轉基因大豆出口中國的全套申請文件、農業部批準其進口申請的全套審批文件，還有中美雙方的科學實驗報告。
根據國務院《農業轉基因生物安全管理條例》(2001年5月23日頒布實施)、《農業部轉基因進口安全管理辦法》(2001年7月11日農業部通過，2002 年3月20日施行)，對于進口的轉基因產品需要三方面的科學實驗文件和審批文件：
① 輸出國家或者地區經過科學試驗證明對人類、動植物、微生物和生態環境無害;
② 經【中國】農業轉基因生物技術檢測機構檢測，確認對人類、動植物、微生物和生態環境不存在危險;
③ 農業部委托的技術檢測機構出具的對人類、動植物、微生物和生態環境安全性的檢測報告。
2011年11月4日顧秀林獲準進行查詢，在農業部提供的文件夾中，沒有看到任何有關“三方”科學實驗報告的內容。
農業部提供的孟山都公司的申請文件包括四份，“美國食品和藥品管理局關于食用安全批文”(1996年)、“美國農業部動植物檢疫局關于環境安全批文”(1994年)、一頁紙的申請表、“毒理學研究動物試驗報告”。這些文件內容并不符合中國法律規定。
“美國食品和藥品管理局關于食用安全批文”的主要內容是，將孟山都公司的申請文件和結論重復一遍：
“……你公司(孟山都)的結論是：此一新大豆品種和現有市售大豆品種，在產品成分、安全性以及其他相關指標上沒有物質上的不同，因此上市前無需進行復審及批準。本次咨詢的所有材料均已歸檔于BNF001，由市場準入批準辦公室保管。”
“根據這次咨詢的有關數據的描述及提供的信息，新的大豆品種依照21 CFR 170.30(f)(2)的含義似乎沒有顯著不同。因此關于此產品我們沒有其他要問的問題。但是，你們也知道，保證孟山都公司營銷的食品安全、有益健康，并遵循其他相關的法律與法規，是貴公司的責任。”(生物技術公司咨詢回函，BNF 000001. 美國FDA Biotechnology Consultation Agency Response Letter BNF No. 000001)
美國食品和藥品管理局并沒有對孟山都公司的產品進行科學試驗和檢測，只是把孟山都公司的結論復述一遍，而后說明孟山都公司對它的產品負有全部責任，潛臺詞是若出了問題，美國食品和藥品管理局無需負責。
孟山都的轉基因大豆在美國種植僅4年后，2000年，超級雜草就被發現。2000年開始已經有學術論文專門討論超級雜草的抗性。因此孟山都公司向中國農業部出具的“美國農業部動植物檢疫局關于環境安全批文(1994年)”，應被視為失效文件，不符合中國的法律要求。
在“毒理學研究動物試驗報告”的文件中，并不包括獨立的第三方單位做的動物實驗，也沒有孟山都公司的“毒理學研究動物實驗報告”。沒有任何包含了記錄數據、進行分析的原始報告。
顧秀林查詢后認為美國孟山都公司向中國農業部申請獲批的抗除草劑轉基因大豆40-3-2安全證書存在較大爭議，不符合有關規定。
2011年10月14日、11月15日，公眾代表兩次去益海嘉里公司遞交質詢函，要求其出具金龍魚“化學浸出”轉基因大豆油是合法轉基因食品的相關部門的審批文件復印件。益海嘉里公司未能提供文件。
7、科普之爭
農業部有高級官員認為，“在轉基因食品問題上，要加強科普推廣。”力推轉基因作物的黃大昉院士也曾表達同樣的觀點：“公眾的恐慌是因為科學素養不夠”。還有多位農業部高級官員宣稱，民眾質疑轉基因食品源于“無知”。公眾的恐慌僅僅是因為不懂科學嗎?事實上，不管從理論角度，還是從科學實驗和實踐角度，都證明轉基因食品存在安全隱患。
2012年9月19日，法國科學家塞拉利尼在《食品與化學毒理學》雜志發表研究報告，用抗除草劑的NK603轉基因玉米喂養的大鼠，致癌率大幅度上升。文中附有照片，大鼠身上長滿腫瘤，腫瘤和大鼠的脖子差不多大。試驗結果一公布，引起全球關注，將轉基因爭論推向高潮。俄羅斯、英國、奧地利、澳大利亞、美國、意大利等國科學家都曾做過轉基因作物的喂養實驗，得出結論認為存在安全問題，但這些實驗都是2008年之前，并未引起公眾關注。
從國內已知的信息來看，積極推廣轉基因的專家學者至今只做過90天小白鼠喂養轉基因大米試驗、8天抗蟲BT毒蛋白灌胃試驗。既沒有做過大型哺乳動物實驗，也沒有靈長類動物試驗，更沒有做過類似醫學藥品推廣前的臨床試驗。
許多科學家和公眾質疑，為什么只做90天的小白鼠喂養實驗，為什么不像法國科學家塞拉利尼那樣做2年的小白鼠喂養實驗?為什么不像俄羅斯科學家那樣，做小白鼠的多代喂養實驗，看看第三代、第四代小白鼠會不會出問題?還有很多公眾質疑，老鼠吃了安全，人吃了就一定安全嗎?眾所周知，老鼠吃巴豆可以長的很肥，但是人吃巴豆卻可以死人!在公眾的長期質疑下，農業部和轉基因相關機構卻從來沒有做過類似實驗。國內諸多第三方實驗室，因為受到無形壓力，也幾乎沒有人做轉基因的長期喂養試驗、環境試驗。倒是有三個青年碩士生初生牛犢不怕虎，做了這類實驗。
中科院植物所首席研究員蔣高明教授介紹了這三個學生的實驗論文。湖南師范大學碩士論文《轉基因水稻致小鼠腸腺細胞病變增生》。上海師范大學碩士黃同學等人的研究，《轉Bt基因水稻對土壤微生物的影響》，該論文指出種植轉Bt基因水稻的時間越長,種植的強度越大,對土壤氨氧化細菌的影響也就越大。中國科學院海洋研究所陶同學碩士論文：《飼料中轉基因成分檢測及對水產動物安全性評價的初步研究》及相關論文《進口轉基因大豆(Roundup Ready)對吉富羅非魚生長和生理的影響》，該論文指出將含有30%轉基因豆粕的羅非魚飼料，7周后導致羅非魚肌體內部產生炎癥!研究顯示，在羅非魚心臟、肝臟、腸、胃、卵巢、精巢、腦、鰓絲、脾臟、膽囊、肌肉等不同部位的DNA中都能檢測到外源基因的存在。該研究還指出，采用巢式PCR檢測方法對市場上的豆制品進行檢測，結果發現，市場上有46.5%的豆制品被檢測出含有轉基因成分。
8、轉基因基本理論遭遇質疑之一
2011年7月6日，文匯報發表著名分子生物學家曹明華的文章《“轉基因”之爭在美國》。曹明華指出，目前的轉基因食物產業所基于的“科學”，是已經過時了的生物學理論。
轉基因技術剛出現時，生物學家以為，真核生物(如植物、動物和人)的基因編碼規律與原核生物(如細菌)是一樣的，即：一個基因只編碼一個特定的蛋白質。按這一傳統的遺傳學模型，生物學家曾估算：人體中的蛋白質約有十萬個或更多，因此他們預測在人類DNA中的基因約有十萬個。
而在2000年6月26日，整個科學界在震驚中發現：人類基因總共只不到三萬個。更令人困惑的是，比人低等得多的雜草卻可以有二萬六千個基因。那么，大多數基因都不只編碼一個蛋白質，有些基因可以產生許多許多不同的蛋白質，比如果蠅，它的一個基因可以產生(38016)個不同的蛋白質分子。
人與雜草間的特性、功能等等有那么巨大的差異，而在基因數量上卻并沒有呈現出數量級的差異——那么一定是有些什么東西錯了。“一個基因只編碼一個特定的蛋白質”的理論是錯誤的。
在這一更新了的分子生物學模型面前，轉基因食物產業的主要根基動搖了!
而中國的有些轉基因專家，在2011年的今天，還在用上世紀80年代對于原核生物所適用的基因學理論來認識真核生物(包括農作物、動物、人)。他們的知識更新跟不上時代發展，由此可能引發嚴重后果。
現實實驗中我們已經看到了很多類似的例子。科學家曾將人的生長激素基因轉到豬的身上，目的是要制造出極快速生長的豬來，可沒料到，所產生的小母豬居然沒有肛門。科學家又制作了轉基因酵母，目的是增加釀酒產量——但很驚訝地發現：這種酵母中原有的一種自然毒素——可能致癌的因子被意外地提升了40到200倍。這個實驗的研究者不由得感嘆：“看來公眾對轉基因食物的恐懼是有道理的……”他們指出，在這一實驗中，還并沒有轉入任何異類基因，而只是——將酵母自身的基因多轉了幾個拷貝進去……
在曹明華發表該文之后，2011年7月11日，人民日報發表署名饒毅的文章《轉基因在美國的遭際》，支持推廣轉基因。7月14日，《文匯報》又發表曹明華文章《有一種誤解亟須辨明》，繼續進行學術探討。7月18日，《人民日報》再發署名饒毅的文章《轉基因是現代科技的必然》。7月21日，《南方周末》刊登署名“柯貝”的文章《對轉基因的無知與偏見》，大力支持轉基因。柯貝文章點名批評曹明華和蔣高明。為此，曹明華寫了一篇反駁文章，希望《南方周末》能夠發表，未能如愿。為此曹明華發表了《致<南方周末>社領導的一封公開信》，蔣高明發表《我對轉基因的真實態度》。美籍華裔生命科學家和環保專家劉實也發了文章《我對主糧轉基因之爭的看法和建議》，反對柯貝文章。2011年12月，反轉派專家顧秀林又發表文章《道理講的清、利益講不清》。
挺轉派代表人物、反轉派代表人物之間的直接交鋒，十分有助于政府和公眾認識真理。
9、轉基因基本理論遭遇質疑之二
2011年9月，南京大學生命科學學院張辰宇教授的團隊研究成果發表在國際知名刊物《細胞研究》上，顛覆了轉基因安全的神話。“植物的微小核糖核酸(microRNA)可以通過日常食物攝取的方式進入人體血液和組織器官。并且，一旦進入體內，它們將通過調控人體內靶基因表達的方式影響人體的生理功能，進而發揮生物學作用。”
美國《環境科學》雜志為此刊文指出：“植物微小核糖核酸(microRNA)能調控人體生理過程，這一發現也說明人體是高度綜合的生態系統。張辰宇說，這一發現還能幫助我們理解共同進化機制，即某一物種的基因改變可以觸發另一物種的改變。比如，人類開始馴養奶牛之后，機體才開始進化出消化牛奶中的乳糖的功能。人類培育的植物，有沒有可能也在改變人類呢?張辰宇的研究又一次提醒我們，自然界中沒有孤立的存在。”
美國著名雜志《大西洋月刊》為此刊文《轉基因食品有非常真實的危險》，該文指出：“如果該研究通得過科學的評審——這是關鍵性門檻——它將會顛覆許多領域的研究。它意味著，我們吃下去的不只是維他命、蛋白質和能量，還有基因調節因子。”
張辰宇教授的研究顛覆了世界最大的轉基因公司孟山都公司的理論基礎，孟山都公司宣稱：“測試轉基因食品對人類的安全性是完全沒有必要、也沒有意義的”。這是個有利于商業的說法，其理論依據是1960年前后的遺傳學，即“中心法則”遺傳學，中心法則假說是：DNA主導細胞，從DNA到細胞之間存在一種單方向運行的指令控制鏈。”但是真實的世界卻是，除了DNA，微小RNA也參與到生物的進化當中。
該論文指出，孟山都和其它公司用“敲除”某個RNA的方法，可以開發出殺蟲轉基因植物，既然RNA(核糖核酸)干擾原理可以用于殺蟲，那么這個能致死昆蟲的生物學機理，在人類身上應該也是同樣存在的。
隨著時間的推移，越來越多的公眾要求更為權威、客觀、公正的實驗，要求科學家具備真正的科學態度。
中國婦聯執委曾發布報告，《中國不孕不育患者數已超5000萬》。類似的報道層出不窮，《南京捐精者合格率僅三成》，《廣西在校大學男生精液抽檢過半不合格》，《我國每年新增胃癌40萬，占全世界42%》，《黑龍江大豆協會：轉基因與腫瘤高度相關》。我國公民的健康狀態可以說是每況愈下，尤其是青年人的體質狀況，更是呈現逐年下降的趨勢。這和我國非法種植和流通的轉基因有多大關系不得而知。國家機構、科學家如能對此做一番全面、系統、客觀的研究，不僅于國于民有利，還能大幅度提高中國的科技水平。
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