日本戰敗投降后，理應受到法律制裁的731部隊戰犯在美國的庇護下，非但沒有受到審判，反而繼續著恐怖的人體實驗。
1945年8月蘇聯紅軍出兵中國東北，731部隊匆忙放棄人體實驗，逃回日本。731部隊頭目石井四郎在逃跑前下達殺人滅跡的命令，炸毀設施并殺害所有供實驗用的犯人。他還要求731部隊每個成員“把秘密帶到墳墓中去”。盡管如此，蘇軍還是捕獲一些731部隊成員，但石井四郎和北野政次等關鍵戰犯逃脫了蘇軍追捕。
石井四郎逃回日本后在老家千葉縣導演了一出自己的葬禮。但沒多久他和其他多名原731部隊成員被美國逮捕。1945年9月，美國著名微生物學家默里•桑德斯中校抵達日本橫濱，此行他代表美國生物武器中心秘密調查細菌戰活動。桑德斯找到日本一些原731部隊成員，這些人怕被送到蘇聯受審，寫了一份日軍細菌戰進展的資料。桑德斯立即上交給駐日美軍最高統帥麥克阿瑟，麥克阿瑟對此事很重視，他想通過給予原731部隊成員免予起訴來換取基于人體實驗的細菌武器資料。
石井四郎及其部下對美國的意圖心領神會。1946年石井四郎等人設法同美方談判，最終獲得免于被推上東京審判戰犯席的待遇，為此他們得向美方交出關于人體實驗的全部資料。另一方面，美國不想讓其他國家尤其是蘇聯獲取有關細菌武器的資料，原731部隊成員的活動受到嚴密監控。日本作者青木富貴子撰寫的《731——石井四郎及細菌戰部隊揭秘》一書稱，一個是自我標榜為民主自由楷模的美國，一個是自詡崇尚武士道精神的日本，這兩個國家二戰期間殊死戰斗，但戰爭剛結束就為了細菌武器迫不及待地秘密合作起來，而細菌武器是《日內瓦議定書》明文禁止使用的。
與此同時，蘇聯展開對戰時日軍細菌武器實驗的調查，經過深入調查，蘇聯發現日軍在1939年諾門坎戰役期間曾使用細菌武器以及731部隊瘋狂研發細菌戰武器的事實。出于復仇和掌握日軍細菌戰技術資料的雙重考慮，蘇聯向美國索要原731部隊戰犯。但美軍細菌武器研究機構極力反對交人，德特里克堡(美國生物武器項目研究中心)負責人埃德溫•希爾博士在報告中稱，原731部隊成員的資料“絕對是無價之寶”，由于美國對人體實驗有顧慮，美國自己不可能研究出這樣的數據，而通過這些原日軍實驗人員，美國可以非常廉價地獲取這些資料。1947年1月24日，美國發布“WX95147”號訓令指示麥克阿瑟，要他獲取并保守731部隊的秘密。同年5月6日，麥克阿瑟致信華盛頓方面，他在信中婉轉地說，石井的陳述只會作為情報，而不會被用作戰爭罪行的證據。據了解，石井四郎同麥克阿瑟在日本鐮倉酒館達成保護原731部隊成員免予起訴的書面協定——《鐮倉協定》。《鐮倉協定》有三點重要內容：秘密報告僅限于美日少數人知曉，對蘇聯絕對保密;保護日本研究人員不受起訴;美日人員商量建立細菌戰實驗室。
就這樣，罪大惡極的石井四郎等人不僅沒有伏法，反而成了美國的座上賓。為庇護這群戰犯們，美國還開動宣傳機器，宣稱日軍細菌戰受害者的證詞是共產黨的宣傳伎倆。英國劍橋大學歷史講師理查德•德雷頓稱，在美國安排下，石井四郎后來前往美國馬里蘭州，充當生物武器研究顧問。有說法稱，《鐮倉協定》簽署后，美方按照協定聘請石井四郎為德特里克堡高級顧問，并將那里的一棟大樓命名為731，供石井四郎研究使用。后在石井四郎的慫恿下，德特里克堡最高負責人終于突破底線，在美國本土用活人進行細菌實驗。
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